Οι νάνοι ιπποπόταμοι αποτελούν μια από τις αρχαιότερες παρουσίες θηλαστικών στην Κύπρο. Με την άφιξη τους στο νησί πριν από περίπου 12000 χρόνια, υπέστησαν νανισμό λόγω της απομόνωσής τους και της περιορισμένης τροφής. Οι νάνοι ιπποπόταμοι είχαν μήκος που έφτανε το 1,5 μέτρο και ύψος περίπου 75 εκατοστά. Ήταν φυτοφάγα ζώα της ξηράς και όχι αμφίβια όπως οι σημερινοί ιπποπόταμοι, και δεν είχαν φυσικούς θηρευτές. Οι νάνοι ιπποπόταμοι της Κύπρου εξαφανίστηκαν από το νησί πριν από περίπου 10000 χρόνια. Στην περιοχή του Αετόκρεμου στο Ακρωτήρι εντοπίστηκαν εκατοντάδες οστά πυγμαίων ιπποπόταμων µε χαρακιές που έγιναν από αιχμηρά λίθινα εργαλεία. Οι άνθρωποι της τότε εποχής κυνηγούσαν τα ζώα αυτά για σκοπούς διατροφής, με αποτέλεσμα να συμβάλουν στην εξαφάνιση τους.

Απολιθωμένα οστά πυγμαίων ιπποποτάμων έχουν βρεθεί σε περισσότερες από 40 τοποθεσίες κυρίως σε σπήλαια στους πρόποδες του Πενταδακτύλου, καθώς και στην περιοχή της Ξυλοφάγου και Αγίας Νάπας. Σε πολλά μέρη της Κύπρου τα απολιθώματα θεωρήθηκαν οστά αγίων, μαρτύρων ή δρακόντων. Η Δωροθέα Μπέιτ (Bate) του Βρετανικού Μουσείου, το 1904, επισκέφθηκε την Κύπρο και περιέγραψε το ζώο για πρώτη φορά.